Vojna je krajina tijekom 16. stoljeća predstavljala dubinsku bojišnicu protiv Osmanlija koja se oslanjala na stalnu plaćeničku vojsku u utvrdama. Tada nije postojala nikakva unutarnja granica prema matičnoj zemlji. Zbog toga možemo govoriti samo o organizaciji vojske u utvrdama, a ne o području sa stanovništvom koje bi se organizacijski razlikovalo od tada uobičajenih ustrojstava u Kraljevinama Hrvatskoj i Slavoniji. Potrebe obrane protiv Osmanlija tražile su da unutarnjoaustrijski staleži stalno drže plaćeničku vojsku u Kraljevini Slavoniji, no ta vojska sve do otprilike sredine 16. stoljeća nije imala stalna sjedišta, već je bila razmještena po slavonskim utvrdama prema trenutačnim potrebama, a uz odobrenje slavonskih staleža. U to vrijeme kapetanije ne treba bezuvjetno zamišljati kao teritorij sa stanovništvom podvrgnutim vojnim vlastima i kada nije bilo u plaćenoj službi. Do kraja 16. stoljeća podjela Slavonske krajine na kapetanije bila je stvar unutarnje organizacije kralja, odnosno unutarnjoaustrijskih staleža i nije imala utjecaj na jurisdikciju nad teritorijem ni ljudima izvan aktivne vojne službe.
Izaslanici hrvatskih staleža još su 1537. godine predlagali da vladar postavi vojsku u 16 utvrda u Hrvatskoj i u 26 utvrda u Slavoniji. No, staleži unutarnjoaustrijskih pokrajina, koji su nosili glavni dio troškova oko opskrbe kraljevske vojske u Hrvatskoj i Slavoniji nisu žurili s njihovim preuzimanjem. U pregledu slavonskih utvrda sastavljenom oko 1540. godine vojne vlasti predlagale su da većinu utvrda i dalje uzdržavaju njihovi vlasnici ili u protivnom neka se poruše.
Uhoda
Križevački gradski sudac Mihael Forgach 10. prosinca 1542. godine obavijestio je koprivničkog kapetana Luku Szekelya da je, prema izvješću koje je dobio, u blizini Koprivnice uhićen osmanski uhoda koji je izjavio da su dvojica njegovih kolega poslani u Križevce i koji su izjavili da se kraj Požege sakuplja velika osmanska vojska te da pokraj Knezoycze (danas nepoznatog mjesta) stoji 700 konjanika i mnogo Vlaha. Forgach je javio i to da su u Križevcima uhićene uhode u istrazi izjavili da su se Osmanlije spremale za napad na Viroviticu i da se zbog toga u brdima između Križevaca i Koprivnice (Gebirgezwischen Kreutzund Kopreinitz) nalazi pomoćna postrojba od 30-orice Vlaha pod zapovjedništvom Margetića (Margetsych). Jedan od njih, zvani Ivan Barbić, usudio se doći do Toplica. Kako je Margetić bio uhićen, brzo se sporazumio s vojnokrajiškim vlastima pa je napustio Osmanlije i prešao na kršćansku stranu.
Vojna je krajina nastajala kao sustav posada u utvrdama na pograničnim vlastelinstvima koja je posjedovao kralj ili koja su kralju predali, odnosno prodali feudalci. Kapetan prvih vojnokrajiških slavonskih utvrda Luka Szekely od tada je pod svojim zapovjedništvom imao svu vojsku u Kraljevini Slavoniji izuzev banske vojske pod zapovjedništvom Nikole Zrinskoga. Nekoliko je godina kasnije na prostoru između Save i Drave »počelo sređivanje lokalnog vojnog ustrojstva čiji će nositelji na kraju toga procesa biti kapetani tvrđavskih okruga.« U tome procesu treba promatrati formalno imenovanje Luke Sekelja za kapetana utvrda Đurđevac, Prodavić i Koprivnica od 6. rujna 1554. godine. Time je bilo stvoreno prvo vojno uporište u Kraljevini Slavoniji u koje je bilo moguće smjestiti vojsku unutarnjoaustrijskih staleža, a bez privole slavonskih staleža. Tako je utemeljen prvi zametak Slavonske krajine (WindischeGränitz, Confiniaslavonica), koja se kasnije po sjedištu zapovjednika nazivala i Varaždinski generalat.
Kralj Ferdinand naložio je 1543. godine Austrijskoj komori organizaciju i pregled fortifikacijskog sustava Varaždina, koji je prema izvješću Ivana Ungnada trebalo popraviti. Ungnad je trebao izdvojiti 700 forinti za popravak varaždinske utvrde i utvrda oko Varaždina. Odluka o obnovi varaždinskih utvrda donesena je istovremeno s namjerom obnove utvrde Schlossberg u Grazu. U obrazloženju te odluke od 18. travnja 1544. godine ističe se da je Varaždin jedna od najznačajnijih utvrda iza Graza te najvažnije mjesto na granici Štajerske koje leži na rijeci Dravi i na važnim prometnicama. Za obnovu utvrde Varaždin odobreno je 2000 forinti. Milan Kruhek istaknuo je kako je ugroženost Varaždina u tome trenutku bila realna. »Znamo koliko je velikih prodora i pljački već do tada pretrpjelo Varaždinsko polje i sav kraj između Drave i Ivančice. Štajersko je plemstvo stoga s pravom držalo Varaždin ‘vratima Štajerske’ i iskazivalo trajnu spremnost ulagati sve što je potrebno za njegovu sigurniju obranu.«
Krajiške posade bile su smještene u utvrdama, a pojedine je utvrde spajala linija čardaka iz kojih su se u slučaju opasnosti davali signali vatrom ili pucanjem. Ispred obrambene crte bile su isturene stalne »straže«. Utvrde su redovito bile u tako slabom stanju »da izvori ne jednom ističu da se obrana kraljevine ne temelji na snazi bedema, nego na hrabrosti krajišnika. Više nego bedemi utvrda, krajiško je područje štitio pojas ničije zemlje između Hrvatske i Turske.« Iako su Osmanlije pokušavale pogranična područja naseliti svojim podanicima, često su ih u tome priječili krajišnici s habsburške strane.
U to je vrijeme vlasnik varaždinske utvrde bio Ivan Ungnad – tadašnji vrhovni zapovjednik pomoćne vojske u Hrvatskoj i Slavoniji 1552. – 1556. godine. Kada se pokreće obnova gradačke i varaždinske utvrde, Ungnad u Varaždin šalje graditelja i projektanta Domenica de Lalia po čijim zamislima niz graditelja i planira obnovu varaždinske utvrde.
Kroničar Nikola Istvánffy spominje 1553. godine »Joanne Margititio, infigniequitumpraefecto«. Ivan Margetić 1555. godine zabilježen je kao husarski zapovjednik koji je zapovijedao s 49 konjanika te je za troškove trebao mjesečno dobiti 278 forinti. Iste se godine spominje vojvoda Margetić »s 53 sluge« koji su mjesečno dobivali 144 forinti i 5 denara. Povjesničar Bidermann napisao je da se spomenuti vojvoda zvao »Plawtz Margetitsch«, a spominje i časnika koji je u ispravama zapisan kao »Radkho Pribekhen – Woywoda. Iz 1555. godine zabilježene su obavijesti o doseljavanju na prostor Slavonske krajine »40 glava« (Köpfe), od kojih se spominju obitelji »Alexić, DoytšinundVukmyr«. Oni su u Slavonsku Krajinu prešli iz Slavonije pod osmanskom vlašću.
Prema popisu iz 1555. godine u Slavonskoj/Vindiškoj krajini bilo je ukupno 870 konja. Luka Szekely držao je 82 konja, Petar Erdödy 155, Krištof Ungnad 100, Jakov Szekely 100, Josip Thurn 62, Ivan Alapić u Križevcima 60, Jako Geczy u Ivaniću 60, Nikola Bradač u Gradecu 50, Pavao Rattkay (ili Bočkaj?) u Rasinji 63, Tomaš Salle 28, Ivan Margetić u Ludbregu 49, u Varaždinu 32, janjičari (tjelesna straža pukovnika) imali su 21 konja, Gašpar Gothal u Zagrebu 4, a Krištof Trautmansdorf, nadstojnik nad haramijama u Slavoniji, 4 konja. Za troškove konjanika odobreno je 49 601 forinti, 1 šiling i 18 denara. Pješaštvo su činili: 23 njemačka vojnika, 1 pribeg i 66 slavonskih vojnika (Windischeknechte) u Varaždinu, 34 njemačka i 24 slavonska vojnika u Zagrebu, vojvoda Naislapla, desetnik i 36 haramija u Križevcima, vojvoda Petar Šramac i 35 haramija u Remetincu, vojvoda Radko Pribeg i 43 sluge u Topolovcu, vojvoda Tomaš Preškopilović i 45 sluga u Koprivnici, vojvoda Jure Cappa i 30 sluga u Varaždinskim Toplicama, vojvoda Petrić Jurašić i 35 sluga u Sv. Petru (Čvrstecu), vojvoda Jure Wogofizony i 35 sluga u Kloštar Ivaniću, vojvoda Jure Letela u Ivaniću s četom, vojvoda Novak u Ivaniću s 49 slugu, vojvoda Margetić u Koprivnici s 53 sluge, vojvoda Brojan i 34 sluge, vojvoda Andrija Gothal i 47 slugu u Križevcima, vojvoda Tomaš Schandwza i 38 slugu u Kostajnici na Uni, vojvoda Jure Besedica s 38 slugu u Sv. Jurju (vjerojatno na Uni, vojvoda Jure Vidošić s 39 slugu u Gradcu, posada u Kostajnici s porkulabom i puškarom, posada u Novigradu na Uni, porkulab, puškar i 31 osoba, posada u Đurđevcu i Koprivnici – svugdje po 50 osoba. Ukupno je bilo 920 pješaka za koje je bio odobren trošak od 35 199 forinti. Zapovjedništvo i časnici dobivali su godišnje 8444 forinti. Za utvrde Varaždin, Koprivnica, Križevce te za druga manja mjesta odobreno je ukupno 37.000 forinti, dok je za obavještajce (kundschaften) odobreno 2000, te još za izvanredni trošak 1000 forinti. Slavonsku krajinu tada je uzdržavala Štajerska s potporom iz Austrije i drugih dijelova Svetog Rimskog Carstva, a ukupni troškovi toga s potporom iznosili su 141 365 forinti, 6 šilinga i 24 denara.
Pljačka
Treba spomenuti kako su vojnici bili zakidani pri isplati plaća, između ostaloga i zbog razlike u vrijednosti između ugarskog i rajnskog forinta. K tome su im zapovjednici oduzimali i plijen koji im je pripadao. Čini se da su krajem 16. stoljeća izrabljivanje i zlouporabe pri isplati krajiških plaća postali opća pojava. Osim toga, krajišnici su očito odbijali vršiti javnu rabotu, a nisu se ustručavali opljačkati ni trgovca koji im je donio robu. U to je vrijeme pljačka bila sastavni dio krajiškog vojničkog života i neophodno »dopunsko« sredstvo za život. Vladar i krajiški zapovjednici računali su s time i često su oklijevali s isplatom vojničkih plaća. No, mogućnost pljačke u »neprijateljskoj« zemlji sve se više smanjivala tijekom druge polovine 16. stoljeća.
Za gospodarstvo je od velike važnosti bilo to što se brojna vojska u Slavonskoj krajini opskrbljivala na lokalnom tržištu. Osim carske vojske na krajiškom području i hrvatski je ban imao svoj banski banderij koji je tijekom 16. stoljeća varirao između 400 i 600 konjanika. Sabor je novčano uzdržavao i vlastitu vojnu postrojbu – zemaljske haramije. Njen je zadatak bila borba s manjim osmanskim postrojbama koje su prodirale u unutrašnjost radi pljačke. Sabor je još 1539. godine odlučio unovačiti 300 haramija te ih razmjestiti na mjesta koja su napadale manje skupine Osmanlija. Godine 1574. unovačeno je 200 zemaljskih haramija – 120 ih je bilo upućeno u pokupsko područje, 40 ih je raspoređeno u šume Strahinčice (Očure) i Kalničkog gorja, a 40 po Medvednici. Broj haramija 1586. godine povećan je na 260 čime su povećane postrojbe koje su stražarile po brdima i na putovima upada osmanskih pljačkaških postrojbi. Sabor je 2. svibnja 1588. godine razvrstao 100 zemaljskih haramija u skupine po 20. Jedna je skupina čuvala prijelaze na Medvednici, druga je bila oko Moravča, Bisaga, Rakovca i Božjakovine, treća je pokrivala Čanjevo, Hum, Hrašćinu i Kalnik, četvrta je bila smještena na području Lestakovca, Bele i Ivanca, a peta oko Očure, Lobora i Krapine.
Prema ustroju iz 1577. godine vidi se da je na slavonskoj granici bilo pet kapetanija: Ivanić, Križevci, Koprivnica, Varaždin i Zagreb, a uz njih je naglašen neriješen položaj sisačke utvrde koju je Zagrebački kaptol držao pod svojom vlašću te ga nije bio spreman prepustiti upravi kraljevske vojske i njezinih zapovjednika. U sastavu Ivanićke kapetanije bile su utvrde i straže: trgovište Ivanić (dermarckthtYiwanitsch), Kloštar Ivanić (dasclosterYwanytsch), Lupoglav (Lupoglaw), Božjakovina (Wuschiakhouina), Gofnic (Gofnez – Bosiljevo kraj Čazme) i Sv. Križ (Heilig Creuz). U Križevačkoj kapetaniji bile su utvrde i straže: Križevci (Creuz), Vrbovec (Barbawacz), Gradec (Gradicz), Sveti Petar (Sannt Peter – Čvrstec), Cirkvena (Cirquena), Sveti Juraj (S. Georgen), Glogovnica (Glogouicza), Apatovec (Apotobacz), Topolovec (Topolowacz), Sveti Ivan (S. Yban – Žabno) i Trema (Trem). U Koprivničkoj kapetaniji bile su utvrde i straže: Koprivnica (Copreinitz), Đurđevac (Georgenschloss), Prodavić (Prodauicz), Drnje (Dernia), Novigrad (Novigrad) i Đelekovec (Jellekhovac). U Varaždinskoj kapetaniji nalazili su se: Varaždin (Warasdin), Remetinec (Remetinecz), Toplice (Töplicz), Ludbreg (Lubregh) i Rasinja (Rassnig). Pod zapovjedništvom Zagrebačke kapetanije bili su: Zagreb (Agram), Bisag (Wysaag), Novigrad (Nouigradander Sawgelegen), Hrastilnica (Hrastilnicza), Rakovec (Rakhonackh), Lovrečina (Loretschin), Čanjevo (Tscheynowa) i Hum (Hum). Prema tome popisu Slavonska krajina imala je 36 utvrda. Raspored utvrda i straža po ostacima Slavonije jasno ukazuje na pravce kojima su male grupe Osmanlija (i Vlaha) odlazile u lov na stoku i ljude.
Preseljenje
Na saboru u Brucku 1578. godine napravljena je reorganizacija sustava utvrda Slavonske krajine. Zagrebačka i Varaždinska kapetanija bile su ukinute, a između Koprivničke, Križevačke i Ivanićke došlo je do nekih promjena. Koprivnička je kapetanija obuhvaćala utvrde: Koprivnica, Drnje, Đelekovec, Novigrad, Đurđevac, Topolovec, Apatovac i Ludbreg, Križevačka kapetanija utvrde: Križevci, Cirkvena, Sveti Petar, Sveti Ivan, Remetinec, Gradec, Glogovnica, Toplice i crkva sv. Jurja prije Križevaca, dok su u sastav Ivanićke kapetanije ulazile utvrde: Ivanić-Grad, Kloštar Ivanić, Sveti Križ i Gofnic. K njima valja dodati i utvrdu Varaždin. Moguće je zaključiti da je nakon reorganizacije 1578. godine broj utvrda Slavonske krajine smanjen na 22.
U to je vrijeme i sama država, a naročito nakon tzv. Bručke libele 1578. godine, nastojala habsburško-osmansku granicu pomaknuti što više na istok od Koprivnice, Križevaca i Ivanića. Zbog toga su poduzimane mjere da se Slavonska krajina što gušće naseli i što bolje vojno osigura, a Dvorska komora još je 31. srpnja 1570. godine predložila da se svi najamnici koji su bili naseljeni u Štajerskoj presele u Slavonsku krajinu. Radoslav Grujić piše: »I ceo rad državnih vlasti kretao se dalje u tom pravcu; pa su zaista i preseljeni u Krajinu svi uskoci, osim onih koji se naseliše kao kmetovi po raznim vlasteoskim dobrima. Veći deo uskočkih vojvodskih porodica preseljenih u Krajinu održao se do danas, pa im potomci, u većem ili manjem broju, žive još većinom oko onih starih krajiških gradova Ludbrega, Koprivnice, Križevaca i Ivanića, gde su im i njihovi preci kao krajiške vojvode sa svojim četama stalno boravište imali.«
Završetkom tzv. Dugog rata (1593. – 1606.), došlo je do potpisivanja mira s Osmanskim Carstvom na ušću rječice Žitve u Dunav (blizu Komarna) 11. studenoga 1606. godine. Mirom sklopljenim na dvadeset godina između Osmanskog i Bečkog dvora, zabranjena su sva četovanja i upadi na prekogranična područja. Sve su se hajdučke i dobrovoljačke postrojbe trebale raspustiti, a nijedna strana neće napadati pogranične utvrde, niti će štititi odmetnike koji se ne drže dogovora utanačenim tim mirom. Stare su utvrde jedna i druga strana smjele popravljati, ali nisu mogle graditi nove. Nakon potpisanog dokumenta o miru provedeno je i razgraničenje zemalja prema stanju zatečenom na terenu. Taj mir bio je preduvjet za oporavak i obnovu šireg područja Varaždinskog generalata i naseljavanja stanovništva.
